Вместе во всей российской экономикой транспортный сектор в 90-е годы переживал сложные времена. С тех пор российская авиация и железнодорожная сеть совершили значительный скачок в технической модернизации и качестве обслуживания, вышли на международный уровень и даже конкурируют друг с другом по многим направлениям.
За два последних десятилетия российской авиации удалось избавиться от устаревшей советской техники. Российские авиакомпании прекратили эксплуатировать самые успешные и массовые советские самолёты:
Им на смену пришли импортные Airbus и Boeing. Старые советские суда Ан-2 и Ан-24 остались лишь в малой авиации и в парке региональных авиакомпаний.
Пик развития отрасли пришёлся на начало 2000-х годов, когда из-за резкого подорожания нефти российская экономика и доходы населения стали стремительно расти. В этот период появилось около 300 новых авиакомпаний. Однако руководство было настроено на консолидацию рынка и стремилось сократить число перевозчиков.

Сейчас из 103 российских авиакомпаний лидерами являются 35. На них приходится 99,6% всего пассажиропотока. После череды громких банкротств лидером рынка стал «Аэрофлот». Позиции авиакомпании укрепились ещё больше после принудительной передачи ей Росавиацией нескольких крупных госкомпаний.
Железнодорожная отрасль России в 90-е годы была в упадке из-за невостребованности её услуг и устаревшего подвижного состава. На плаву её поддерживал лишь бартер. В начале 2000-х проблемами отрасли занялась РЖД. Однако с появлением частных компаний ей пришлось потесниться на рынке.

В 2016 году правительством была проведена серьёзная реформа. Подвижной состав был обновлён благодаря частным инвестициям в 1 трлн рублей. Теперь вагонный парк России считается одним из самых молодых в мире.
Тем не менее РЖД по-прежнему остаётся монополистом на железнодорожном рынке страны. Частным компаниям принадлежит не более 1,6% от общего числа локомотивов, хотя во всём мире компании, владеющие вагонами, имеют и собственные локомотивы. Но РЖД не хочет терять влияние на рынке и делиться выручкой с операторами.
Актуальными задачами отрасли являются: либерализация рынка, ликвидация узких сегментов, возведение новых инфраструктурных объектов и привлечение инвестиций. Однако доходность на этом рынке всё ещё недостаточно высокая, чтобы привлечь серьёзных инвесторов.